Za pruské okupace Nového Města roku 1744 si pruská armáda v kostele zřídila dílnu na náboje, což vedlo k devastaci kostela.   Když císař Josef II. zrušil blízké kostely a kláštery sv. Kateřiny a na Karlově, stal se kostel sv. Apolináře kostelem farním a zůstal jím až do dnešních dob. Josef II. ovšem zrušil hřbitov na Větrově. 

Koncem 19. stol. byl kostel opraven a zregotizován dle návrhu Josefa Mockera. V roce 1867 byl ve věži umístěn zvon Apolinář vážící bezmála 200 kg.  Interiér kostela mi, jako již mnohokrát, zůstal utajen.   Fara náležející ke kostelu viditelná z Albertova je zapsána na seznam kulturních památek Prahy.