V dalších staletích prošel kostel mnoha složitými stavebními úpravami. R. 1648 ho vážně poškodila dělostřelba švédských vojsk, poškodily jej i rozsáhlé požáry r. 1680, 1689. Ublížilo mu i pozdější bombardování Prahy r. 1757.   

      Samozřejmě, že se ke kostelu víží i veselejší věci, než úmrtí a války – jednou takovou byla 17. listopadu 1873 velká událost, kterou byla svatba Antonína Dvořáka s jeho žačkou Annou Čermákovou.    

     R. 1875 se pak tato památka dočkala velmi potřebné celkové opravy, která trvala dlouhých deset let a vyžádala si 38 000 zlatých. Oprava probíhala pod dohledem známého propagátora regotizace Josefa Mockera.  Do kostela jsem nahlédla přes sklo uzamčených vstupních dveří. Zařízení kostela je vesměs barokní, klenby gotické, z původního románského kostelíka zbyla jen románská okénka a fragmenty figurálních maleb.   

      V těsné blízkosti kostela stojí i fara z let 1893-1894.  Fara je zdobená sgrafitovými obrazy českých patronů od Mikoláše Alše. Pod návrhem stavby je podepsán Antonín Wiehl (1846-1910), mj. za shlédnutí jistě stojí i  jiné Wiehlovy stavby v Praze, např. Smetanovo muzeum na Novotného lávce. 

     Další stavbou je Petrská – Novomlýnská - Dolní novoměstská - vodárenská věž, jež kdysi zásobovala vodou z Vltavy část Nového Města pražského.