Za tento mír Federica papež vyloučil z církve podruhé, ani se neobtěžoval předtím zrušit exkomunikaci předchozí. Abychom papeži nekřivdili, stejně zuřivá byla reakce ímámů v okolí al-Kámila, a od té doby Federico, stejně jako al-Kámil, nikdy neměli příležitost ke klidné vládě a pocitu osobního bezpečí.

     Federicovo bezpečí po návratu z výpravy zajišťovala opatření stejně neuvěřitelná jako celý jeho život. Ve své ložnici choval černé kobry, které dostal od al-Kámila darem. Zbavovaly ho jak možného obtížného, či dokonce nebezpečného hmyzu, tak obav, že se do této ložnice v noci vkrade, kdo nemá.

     Druhým, viditelnějším, opatřením byl oddíl assasínů, které si ze Svaté země přivedl sebou. Assasíni již byli vyvrženci islámského světa a služba Federicovi byla docela dobrým východiskem. Šlo přitom o elitní, naprosto loyální bojovníky. Co se Federicovi líbilo nejvíce, bylo, že kvůli náboženské a jazykové bariéře byli zcela neúplatní, a jestli o někom s naprostou jistotou věděl, že nenávidí papeže a církev, byla to jeho osobní assasínská garda. Nakonec jim přidělil rozsáhlé pozemky v okolí města Lucera, kde jejich potomci žijí dodnes.

     Jeho dvůr cestoval většinou mezi Neapolí a Palermem, ale na stará kolena si nechal v Apulii postavit hrad Castel del Monte. Je to luxusní krásné sídlo s několika ložnicemi, několika koupelnami a téměř moderními záchody ústícími do podzemních septiků. Castel del Monte je ovšem na první pohled jednoznačně identifikovatelný pro svůj osmiboký půdorys, kde osm větších místností v každém patře bylo propojeno v horizontále pavlačí a vertikálně ve schodištích umístěných ve spojovacích traktech zakončených vysunutými baštami. Neprojektoval ho žádný stavitel ani válečník, ale slavný astrolog Michael Scottus.

     Pokud jsem vám připomněl jméno postavy z filmu Císařův pekař - tak ano, máte pravdu. Ten filmový Michael Scotta se ale do Rudolfínské Prahy dostal jen ve filmu a žil o pár století dříve. Scottovým žákem byl mj. astrolog Turpin z Limoux, který nějakou dobu působil na dvoře Václava I.

     V roce 1235 došel konflikt s papežem do další fáze, kdy se papeži povedlo vyprovokovat v Říši rozsáhlé povstání, a co víc, do jeho čela se povedlo získat Federicova syna, císařského prince Jindřicha. K překvapení všech ovšem Federico s armádou pacifikoval odbojná města na severu Itálie a Federicův spojenec Václav I. rozprášil povstalce v Německu. Udělal to s gustem, protože Jindřich byl původně zasnoubený s princeznou Anežkou (budoucí svatou) a toto zasnoubení zrušil a vzal si Markétu z Babenberku. 

     Princ Jindřich poté spáchal sebevraždu skokem do propasti. Císařské vojsko pak obléhalo Řím a Federico slavil zdánlivý triumf. Ale jeho vláda už nikdy nebyla pohodová a klidná. Po období, kdy církev couvla a odvolala všechny klatby, došlo k dalším rozkolům a církev vyprovokovala volbu vzdorocísaře Jindřicha Raspe. Ač jinak nemilosrdně smetl všechny, kdo se mu protivili, v případě Jindřicha ani nevytáhl do Německa  s vojskem.